红外偏振光和弱激光、一般光疗一样，治疗作用主要取决于它的波长（区间）、强度、以及作用时间。主要是利用其对组织的生物学促发作用和对症状的顿挫作用。
（1）消炎作用：偏振光能刺激机体产生较强的防御免疫机能。如体液杀菌能力增强，细菌吞噬指数升高，免疫球蛋白IgG、IgM增加，肾上腺皮质系统功能加强，淋巴细胞的转化能力提高等。
（2）促进组织再生作用：红外偏振光照射有利于胶原纤维及毛细血管再生能力的加强和上皮细胞的合成代谢作用及加速溃疡面的修复愈合。
（3）对机体的调节作用：可加强甲状腺、肾上腺的功能，因而可促进整个体内的代谢过程。对外周血液及凝血系统有调整作用。照射相关穴位、咽峡粘膜、神经节段或交感神经节等部位时在某些局部症状好转的同时，可出现全身症状改善，如精神较佳、全身乏力减轻、食欲增加等。通过循经取穴照射时，可调节阴阳平衡和气血运行，改善脏腑功能。
（4）止痛作用：在疼痛的发生中，化学介质有重要的意义。细胞破坏释放出的化学介质，达到一定浓度后均可引起疼痛。偏振光可促进局部血液、淋巴循环，可使致痛物质的浓度减低、渗透压改善、组织水肿减轻或消退，这些改变可以直接减轻神经末梢的化学性及机械性刺激作用，达到止痛目的。
（5）红外偏振光穴位照射可提高人体的痛阈及耐痛阈。并能激活和增加体内的抗痛物质——内啡呔等。另外还可激活中枢5-羟色胺能神经元的功能，使中枢5-羟色胺合成速度增加，导致该神经递质水平升高，从而达到镇痛作用。同时乙酰胆碱、多巴胺等神经介质也参与红外偏振光穴位照射镇痛。
（6）红外偏振光穴位照射时，可提高致痛物质（徐缓激肽等）分解酶的活性，加速致痛物质的分解，消除和阻滞细纤维的致痛冲动，从而产生镇痛效应。
（7）红外偏振光照射神经节（如星状神经节）时，可增强交感和副交感神经之双向调节作用，保证体内环境之稳定和平衡，保持正常的精神状态、内分泌的调节、各器官活动的协调等。
